1942年，正值太平洋戰爭期間，牧眞人在空襲中失去了母親久子。三年後，身為軍需工廠經營者的父親正一與久子的妹妹夏子再婚，眞人隨著工廠一同疏散到母親的家族所在地。在那裡，夏子的大叔父（真人的大叔公）建造了一座宅邸，宅邸內有一座塔，住著一隻蒼鷺。眞人對此感到好奇，試圖從被埋入的入口進入，但卻被宅邸的僕人阻止了。
轉學的第一天，眞人無法適應學校的環境，回家的路上與當地的少年發生爭執。真人用路邊的石頭敲打自己的頭造成了嚴重的傷口。回家後父親詢問傷口。真人在房間裡休息時蒼鷺進入了眞人的房間對他說「母親在等著你。她並沒有死去」，引導眞人進入一個夢中，夢中，眞人感覺自己即將被魚和青蛙吞噬。父親因眞人的傷勢對校長表達憤怒。夏子因懷孕而出現孕吐。眞人還無法接受夏子。眞人用蒼鷺的羽毛製作了保護自己的弓和箭。有一天，眞人目睹了夏子消失在森林中的情景。他發現了久子在昭和12年為他留下的小說《你想活出怎樣的人生》，在閱讀中流下了淚水。
在那天的黃昏時分，夏子的失蹤引起了整個宅邸的騷動，眞人和僕人桐子一起追隨夏子的腳步進入洋館的後門，卻被關在裡面。蒼鷺展示了一個假的久子給眞人看，眞人卻親手摧毀了假像，使蒼鷺無法再恢復人鳥形態。在塔的頂層，一個神秘人物下令後，眞人被引導進入了名為「下界」的領域。
真人剛抵達「下界」便遭遇鵜鶘群的攻擊，慌亂中伸手打開刻有「研究我的人必死無疑」字樣的墓門，及時獲得掌船者「キリコ」救援。由於「下界」的居民不得殺生、但因為魚的器官是靈魂出生前飛翔所必需的物件，於是真人主動幫忙「キリコ」完成取得魚類器官的工作，當真人抽空走到外面的期間，正巧目擊了鵜鶘狩獵的場面，這時候一名待在船上的少女希米（ヒミ）利用自己的力量燃放煙花，擊退了鵜鶘。
真人見狀試圖要求後者停手，「キリコ」說明希米是幫助他們前往「上界」的關鍵，真人轉而對「希米」表達感激之情。稍後真人離開廁所時，發現一隻受希米的力量影響而瀕死的老鵜鶘，從老鵜鶘的敘述獲知由於海裡幾乎沒有魚，導致牠只能吃稻草充飢，牠的一些後代不會飛，無論飛多遠，也只能到達島上。
語畢的老鵜鶘因耗盡精力嚥下最後一口氣，真人抱持敬重的心態將老鵜鶘安葬，還發現蒼鷺出現在他的身邊。翌日，真人準備幫蒼鷺取水的時候，蒼鷺透露自己知曉夏子的下落，讓真人為之震驚，加上「キリコ」的建議，轉而與蒼鷺出發尋找夏子。真人還從「キリコ」的手裡取得外型與「上界」的桐子相似、作為護身符的人偶。
另一方面，現實世界的真人、夏子、僕人桐子被外界認定失蹤，劇情更進一步揭曉夏子的大叔父在過去發生隕石墜落事件時，發現了一座石塔，他轉而藉著建修宅邸掩蓋住石塔的存在，夏子的大叔父還向正一透露久子生前曾經不明原因神隱失蹤、經歷一年的時間才再度現身的奇異經驗。
此時在真人前往「下界」尋找夏子的過程中，為了協助蒼鷺恢復飛行能力，砍下一根樹枝貼在蒼鷺身上，以堵住自己親手在蒼鷺喙上挖出的洞。蒼鷺解釋道，夏子待在鐵匠的小屋裡，但是該處已經被一群據說會吃人、性情兇猛的巨型雙足長尾小鸚鵡佔領了。
真人、蒼鷺抵達目的地，蒼鷺負責引開長尾小鸚鵡的注意力，真人則依循著一隻聲稱等候他的粉紅色小鸚鵡的引導尋找夏子，結果落入鸚鵡群的圈套險些被群攻殺害，希米及時現身解決週圍的鸚鵡而脫險。真人與希米轉移至希米的住處，前往夏子所待的石塔，希米說明道，所有世界都存在著石塔的蹤跡，真人也理解到「下界」的石塔與「上界」相同。
期間真人發現一道寫有「132」字樣、通往真人原本的世界的門，真人與希米再次遭遇鸚鵡群攻擊，為了擺脫追兵急忙開啟這道門，逃往真人的世界。真人與希米遇見尋找真人的正一，但是兩者開門的舉動也讓大量的鸚鵡竄入真人的世界，正一更因為親眼目睹鸚鵡變化姿態的模樣而大為吃驚。
真人與希米再度返回「下界」，抵達了夏子所在的產房，但是真人與希米被週圍石頭的力量影響轉移離開，雙雙昏迷被鸚鵡警備捕獲。真人的意識抵達夢境和大叔父再會，大叔父的真實身分其實是法力高強的「下界」巫師，告訴真人他嘗試用石頭的力量平衡「下界」，希望真人能夠繼承他的位置，甦醒的真人在廚房被捕時經由偽裝成鸚鵡的蒼鷺解危，希米則被鸚鵡王及其部屬捕獲，被帶往大叔父所在的塔頂。
真人與蒼鷺為了解救希米，從外牆的窗戶潛入，被鸚鵡王破壞樓梯而雙雙墜落，隨後鸚鵡王向大叔父報告真人違反規則踏進產房的事。成功脫逃的真人與蒼鷺在被鸚鵡王尾隨的狀態，準備與大叔父見面，還在途中進入一間宅邸與希米會合，待一行人與大叔父會面，大叔父向真人說明平衡「下界」的原理：大叔父或繼任者必須每隔三天，便要將十三塊純淨的石頭逐一疊起來。
而且只有和大叔父有血緣關係和沒有惡意的對象才能控制石頭。真人拒絕大叔父的要求，選擇回到自己的世界，指著自己此前用石頭砸傷的傷口聲稱自己不是好人，而且真正渴望的是在自己的世界結識諸如「キリコ」、希米、蒼鷺般的朋友。鸚鵡王聞言勃然大怒，動手推翻了維持世界平衡的堆石，這個舉動同時造成了「下界」的崩壞。
「キリコ」趕到塔樓救下真人一夥，在逃跑時，真人提出要帶希米前往他的世界，希米拒絕了真人的提議，坦承自己的真實身分正是年輕時期的久子，為了保證真人的誕生不會受到時間悖論的影響，她和「キリコ」必須回到自己的時代，真人接受了這個事實，與希米（久子）道別。最終，希米（久子）與「キリコ」選擇回歸至希米（久子）的少女時期，真人、夏子、蒼鷺回到了他們的世界，與正一團聚，逃離崩壞「下界」的長尾小鸚鵡與鵜鶘也抵達真人的世界，原先挺立的石塔也跟著崩塌。蒼鷺詢問真人是否還記著那個地方，表示自己很快就會遺忘後，就此與真人分別。此前真人取得作為護身符的人偶，則變成了桐子。
故事尾聲，真人經歷「下界」歷險的兩年後，戰爭正式落幕。夏子產下一子（真人的同父異母弟），真人與家人過著幸福和樂的生活，電影結束在一家人返回東京、真人聽見夏子的呼喚離開自己的房間的時刻。
製作團隊
製作 星野康二、中島清文
音楽 久石讓
作畫監督 本田雄
美術監督 武重洋二
調和 高屋法子
色彩設計 沼畑富美子、高栁加奈子
攝影監督 奧井敦
攝影 藪田順二
音響製作 東北新社
音響演出・整音 笠松広司
後期錄音演出 木村絵理子
編集 瀬山武司
助監督 片山一良
油漆生產商 西村義明、高橋賢太郎
製作 吉卜力工作室
製作人 鈴木敏夫
生產製作人 宮崎吾朗
原作・腳本・監督 宮﨑駿
配給 東寶
合作動畫公司：
Khara、地圖工作室、Production I.G、Studio Ponoc、STUDIO DURIAN、スタジオたくらんけ、アニメTOROTORO、CoMix Wave Films、Yostar Pictures、MAA MOPICS、ufotable、STUDIO 4℃
原聲帶
《蒼鷺與少年》的音樂由久石讓負責，原聲帶於2023年8月9日上架，預定收錄包括主題曲在內的37首歌曲。
片尾曲
〈地球儀〉
演唱：米津玄師