2011年，賴聲川擔任中華民國建國百年國慶晚會夢想家藝術總監，遭受在野黨指控不當使用中華民國馬英九政府國家經費－兩天耗資約新台幣兩億一千五百萬元，部分人士質疑費用過於高昂及帳目不清等財務問題，經查證此經費並非賴聲川一人獨得，表演工作坊只是13個標案中的1個，實際委託只有三千九百萬元，但只用兩千七百萬元，主要是800多位技術、行政人員的長期費用、100多名演員酬勞，以及燈光、服裝電視轉備等成本。
經檢方過濾全案審核、發包底價訂定驗收及付款等程，還括承辦人員和得標廠商間的資金往來，3名被告馬英九、吳敦義和盛治仁均查無違法事證，未涉刑罪嫌予以簽結。2013年監察院以此案涉及行政缺失，糾正行政院與文化部（前文建會）。這次事件成為2012年中華民國總統選舉的議題之一，還登上台灣2011年十大藝文新聞第一名。
2011年11月，2008年台灣文學獎創作類劇本獎金典獎得主陳慕義公開投書自由時報，指賴聲川早年自美返台，任教於國立藝術學院（即現在國立台北藝術大學前身），多次將與學生共同自由聯想、合作創作的集體作品，獨攬為一人成就，包括演出與劇團本身都與國立藝術學院戲劇系第一屆學生切割。該篇投書並未使自由時報進一步採訪賴聲川本人。
2012年12月，《如夢之夢》重新製作展開亞太巡演，部分臺灣劇場界對於該作真正所有權人提出議論：認為當年國立藝術學院（即現在國立台北藝術大學前身）學生雖曾以演員身份參與該劇創作工作卻未獲具名和金錢利益，且源自臺灣劇場界的《如夢之夢》，重新製作選用台灣演員較少 。表演工作坊經理表示，當年所有參與工作的演員均簽署著作權同意書，且「如夢之夢」首次發表於加州柏克萊大學戲劇工作坊。
2013年7月，臺灣資深文化人馮光遠於部落格悼念劇場工作者李國修一文中公開揭露，表演工作坊的出版物（《賴聲川：劇場1》頁405）上《那一夜，我們說相聲》首演資料題為賴聲川「主持之集體即興創作」，然後才再列李國修與李立群參與創作，實際上《那一夜，我們說相聲》此一作品應為李國修與李立群兩人原創，並非賴聲川所著作。
賴聲川在美國隔海回應，「當年《那一夜，我們說相聲》為三人共同創作（節目單上載明編劇為賴聲川、李立群、李國修三人具名）」，而《那一夜，我們說相聲》共同創作者李立群則回應：《那一夜》為三人共同創作。
另外，臺灣資深文化人馮光遠於部落格撰文表示，收到國修弟子的簡訊，提及《暗戀桃花源》由李國修發想點子。對此屏風表演班執行導演黃致凱表示，李國修出走乃因其創作理念因素，且李國修一直很敬重賴聲川。另外「《暗戀桃花源》創作期間，李國修因為出國並未參與」。《暗戀桃花源》參與創作的李立群也上傳youtube影像說明創作原委，表示李國修沒有參與創作，主要參與創作的人是賴聲川、丁乃竺、金士傑、顧寶明、李立群、金士會等，規劃是賴聲川，導演是賴聲川。此次事件顯示，集體即興創作的模式有可能引發創意所有權歸屬的爭議。
2014年9月，國立中興大學 – 臺灣文學與跨國文化研究所助理教授，汪俊彥，於第四十三卷第三期《中外文學》中，以「斷裂的歷史」與「重複的差異」的論點，來說明賴聲川在夢想家中對於中國/臺灣認同的爭議。以過去賴聲川「相聲劇」的風格與形式，說明如何以「不連續的歷史」，挑戰民族國家對於歷史連續性的主體想像，以此觀點處理劇評家鴻鴻對於《夢想家》中華民國與台灣被切割的議論。