6 逮捕和屠殺
高雄發生警民衝突事件後，國民黨政權壟斷的所有媒體，連續數日對民主運動人士展開猛烈的攻擊。「偏激分子顯露猙獰面目」、「假美麗之名幹醜惡勾當的暴徒」、「滋事暴徒該當何罪？」、「嚴懲暴徒必須除惡務盡」等語言，充斥報紙。當時擔任臺北市長的李登輝說，「基於國家當前的環境，也基於兩百多萬市民的安全和福祉，絕不容許陰謀分子在臺北市有煽動群眾、不法集會，及破壞社會安寧秩序的暴力事件發生。」他同時呼籲全體市民，共同聲討、制裁陰謀暴力分子，以維護社會安寧。也全力支持孫運璿院長對「今後任何企圖破壞安定與團結……政府決斷然依法處置，不稍寬容」的談話。李市長說，「高雄市已發生《美麗島》雜誌社服務處的不法集會……警備總部等治安單位已採取斷然行動，決本嚴正立場，依法嚴辦，絕不寬待。」
次日清晨，獨裁政權果然如李登輝市長所期待的，開始「制裁陰謀暴力分子」。除了施明德在逮捕行動中脫逃之外，張俊宏、姚嘉文、王拓、陳菊、呂秀蓮、林義雄、陳忠信、張富忠、周平德、楊青矗、紀萬生、魏廷朝等十四人幾乎在同一時間遭逮捕。他們是第一批被逮捕的人。根據當時的調查局高雄分處處長高明輝的回憶，他們接到的指示是全臺灣同時在清晨六點逮捕所有人犯。之後，各地的雜誌社分處，全部被查封。
第二天十二月十四日，國民黨四中全會閉幕。就在大肆逮捕民主運動領袖的第二天，黨主席蔣經國在會議上致詞表示：國民黨絕對不會實施軍事統治，前一年停止的中央民意代表補選將會恢復，而且增加名額。蔣經國又說，當前仍為戰爭狀態，戒嚴不會取消。四中全會也改選了中常委。新當選的中常委除了李登輝外，還包括《中國時報》余紀忠、《聯合報》王惕吾等新聞媒體的擁有人；公然宣示媒體為統治工具的一部分。
就在國民黨四中全會閉幕這一天，在立法委員們喝采鼓掌地行使同意權之後，黃信介委員立即被逮捕。後來陸續逮捕其他成員，所有的運動參與者幾乎無一倖免。根據姚嘉文律師出獄後的追查統計，美麗島事件總共逮捕一百五十二人，遍及全臺灣，整個社會陷入恐怖氣氛。其中交保候傳有四十一人，交保釋放五十人，被收押六十一人。被收押的六十一人中，有三十三人由普通法院起訴，八人由軍事法庭起訴。施明德則在逃亡二十六天後，於一月八日被逮捕。在這二十六天期間，全臺灣陷入肅殺氣氛中，電視充斥通緝施明德的新聞和廣告，街上貼滿懸賞海報：「賞金一百萬元，凡包庇或藏匿叛徒者，依懲治叛亂條例第四條第七款規定，處死刑、無期徒刑或十年以上有期徒刑。」在小學課堂上，老師警告學童注意壞人的行蹤。
施明德遭逮捕不久，在逃亡途中藏匿他的高俊明牧師、加爾文神學院院長林文珍、牙醫師張溫鷹、吳文牧師、許晴富、林樹枝等人也被逮捕，接受軍法審判。高俊明牧師和許晴富都被判刑七年，林文珍院長判刑五年，其他人判刑兩年。
張溫鷹出身臺中有名的世家。她個性溫柔、說話輕聲細語，看起來是一個從來不生氣的人。她當時對民主運動涉入不深，可是在重要關頭卻自自然然、毫無勉強地去做正確的事情。蔡有全和林弘宣逃亡的第一站，就是投奔張溫鷹，由她藏匿在家裡擁有的一間空屋。藏匿期間，蔡有全請張溫鷹到臺北幫施明德整容，方便施逃亡出境。張溫鷹是牙醫，從沒有學過整容醫學。她到臺北買了一本整容的專書，然後就大膽地在施明德下巴動刀。施明德被捕的時候臉上還貼著紗布，張溫鷹也在現場。她向情治人員說她是屋主許晴富的親戚。後來她自動投案，被判刑兩年。張溫鷹在一九八九年當選省議員，連任兩屆後，於一九九七年當選臺中市長。
林文珍院長和高牧師都不認識施明德。林文珍家裡有七十多歲母親、兩名幼子、一名智障弟弟，全靠她一人撫養。當高俊明牧師拜託她對施明德伸出援手，林文珍說她得想一想，然後她回家禱告。當天下午，她回到高牧師的辦公室接下這項任務，將施明德藏匿在她臺北市敦化南路家裡兩個星期。以她的家庭情境，她應該推託、也可以合理推託。可是她的信仰不容許她推託。後來施明德轉移到許晴富在西門町的家，並且在該處被逮捕。林文珍還是被判了五年徒刑。真是可敬的臺灣人。
林文珍入獄前就患有氣喘病，而且動過胃部切除手術，在監獄中受到不少折磨。一直到高俊明牧師在監獄裡絕食抗議，獄方才勉強讓林文珍就醫。高俊明牧師是基督長老教會最受尊敬的領袖。他的祖父高長是最早皈依基督教的四位臺灣人中的一位。高俊明小學的時候前往東京就學，住在他的姨丈蔡培火家裡。蔡培火是反殖民主義運動領導人之一。高牧師從臺南神學院畢業時，是唯一自願前往山地傳教的畢業生。他後來在花蓮篳路藍縷，於鯉魚潭邊建立玉山神學院。高牧師講道使用的臺語極其典雅，令人無法忘懷。在監獄裡和他鄰居的林義雄說，認識高牧師這麼多年從來沒看過他對人不耐或無禮，永遠帶給人祥和平靜。所有認識高牧師娘李麗珍的人，也都能從她身上獲得相同的祥和與平靜。牧師娘小時候跟隨在臺灣傳道的挪威籍女宣教師到日本，進入名古屋中學、名古屋大學英文系。她的大哥和兩位表哥在二二八事件中受難，當時大哥十六歲，表哥分別是十八歲和二十一歲。她母親的四位姊妹中，有三位在這個事件中死去一個兒子。
高牧師被逮捕的時候，正擔任基督長老教會總幹事。他被捕之後，長老教會發動各地為他禁食祈禱，總會並通過決議保留他的總幹事職位，並任命代理總幹事，直到他獲釋歸來。之後總會開會時，都放置一張空椅子在講臺上，象徵對缺席者的等待。
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