中國財新網2月27日刊出長篇調查 “新冠病毒基因測序溯源：警報是何時拉響的”。這個報導2月29日打開鏈接時顯示 “404”。後來被人移到谷歌刊出。該報導透露，去年底至少有9個病例樣本採集送檢。一個基金測序公司表示，他們在元旦接到電話，被要求銷毀樣本，不得公開。
一個承接武漢不明肺炎檢測的基因測序公司人士透露，2020年1月1日，他接到湖北省衛健委一位官員的電話，通知他，武漢如有新冠肺炎的病例樣本送檢，不能再檢；已有的病例樣本必須銷毀，不能對外透露樣本信息，不能對外發布相關論文和相關數據，“如果你們在日後檢測到了，一定要向我們報告”。
最初的武漢冠狀病毒檢測結果在12月27日出爐：那是12月15日在武漢中心醫院住院的65歲男子的肺泡灌洗液的樣本。此人12月18日被武漢市中心醫院本院（南京路院區）急診科收治入院，12月22日病情加重，進入ICU，用各種抗生素治療無效。武漢市中心醫院呼吸內科主任醫師趙蘇教授告訴財新記者，12月24日，呼吸內科一名副主任醫師將這位病人的肺泡灌洗液樣本送廣州微遠基因科技有限公司進行NGS檢測，希望找出病原體。
廣州微遠基因實驗室當天組裝出接近完整的病毒基因組序列，數據同時也共享給了中國醫科院病原所。“基本可以確認這個患者的樣本裡面確實有一個跟Bat SARS like coronavirus類似的新型病毒。” 該公司領導在12月27日、28日跟醫院、疾控部門電話溝通，29日、30日親自去武漢跟醫院、疾控中心領導當面交流所有分析結果。
12月27日，一名41歲陳姓男子到武漢市中心醫院南京路院區就診。他沒有去過漢口的華南海鮮市場，大概在12月16日開始發熱，最高體溫39.5°C，伴有心悸、胸悶、活動後呼吸困難，體力明顯下降，12月22日在江夏區第一人民醫院看病，沒好轉，27日轉到武漢中心醫院急診科。”12月27日傍晚，患者在該院呼吸科ICU做支氣管鏡取樣，這次的樣本送往北京博奧醫學檢驗所有限公司。
北京博奧醫學檢驗所12月30日將送檢報告反饋給了醫生，檢測結果是SARS冠狀病毒。正是這份犯了小錯誤的檢測報告引起武漢醫生們注意，當晚武漢市中心醫院眼科醫生李文亮，武漢市紅會醫院神內科醫生劉文，武漢協和醫院腫瘤中心醫生謝琳卡先後在同學同事群發文透露信息提醒大家注意防護——這3位醫生此後都遭到警方訓誡。
據《湖北日報》報導，12月30日這天，金銀潭醫院院長張定宇帶領大家採集了該院最早收治的7名病人的支氣管肺泡灌洗液，並送往中科院武漢病毒所進行檢測。該病毒所隨後在一封公開信《武漢病毒所全力開展新冠病毒肺炎科研攻關》中稱，12月30日晚病毒所收到金銀潭醫院送來的不明肺炎樣本，72小時攻關後，於2020年1月2日確定新冠病毒的全基因組序列，1月11日上傳至GISAID上。
1月3日，上海公共衛生臨床中心張永振教授團隊收到來自武漢市中心醫院的樣本。1月5日凌晨，從樣本中檢測出一種新型SARS樣冠狀病毒，並通過高通量測序獲得了該病毒的全基因組序列，證實武漢新型冠狀病毒是歷史上從未有過的。上海公衛中心當日立即向上海市衛健委和國家衛健委等主管部門報告，提醒他們新病毒與SARS同源，應是經呼吸道傳播，建議在公共場合採取相應疾控防疫措施。
1月3日，國家衛健委辦公廳發布了《重大突發傳染病防控工作中加強生物樣本資源及相關科研活動管理工作的通知》。針對近期武漢肺炎病例樣本規定，各相關機構應按省級以上衛健行政部門的要求，向指定病原檢測機構提供生物樣本開展病原學檢測，並做好交接手續；未經批准，不得擅自向其他機構和個人提供生物樣本及其相關信息。至於哪些機構屬於“指定病原檢測機構”，文件未提。有病毒學家透露，甚至中科院武漢病毒所都一度被要求停止病原檢測，銷毀已有樣本。
該報導說，1月11日，停止更新多日的武漢衛健委通報首次將“不明原因病毒性肺炎”更名為“新型冠狀病毒感染的肺炎”，稱截至2020年1月10日24時，初步診斷有新冠肺炎病例41例。同一天，湖北“兩會”召開。至1月17日湖北“兩會”結束，這個數字沒有增加。
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