孔傑榮 Jerome Alan Cohen在台灣的影響力相當大，中華民國總統馬英九在哈佛大學深造時是他的學生，馬的夫人周美青亦曾是他的人權事務研究助理。1985年，孔在台灣政治犯呂秀蓮被釋放的過程中發揮了關鍵作用——呂在哈佛大學求學時亦是他的學生，後來成為中華民國副總統。
此外，在1985年江南案發生後，他曾義務代表劉宜良（即江南）的遺孀到台灣出庭。於訴訟的期間，他認為光是將兇手——也就竹聯幫分子陳啟禮等人——定罪是不夠的；他認定中華民國政府必定直接參與了這次陰謀，且必須為之負責。後來證明他是對的，中華民國的情報局長及其屬下相關人等也被逮捕並判刑入獄。
2008年，中華民國前總統陳水扁因貪污及洗錢案入獄，孔傑榮雖對陳及其的家人牽涉的金額感到「噁心」，但是他也認為此案也反映出臺灣過渡中的法律體制之部分缺失——法院該在保證他不會逃跑的條件下釋放他，也要保證他有適當的機會為自己辯護。不過，馬英九隨後也公開澄清對陳水扁的司法羈押並無不當。
2019年孔傑榮於台灣駐美國紐約的台北經濟文化辦事處舉辦的台灣關係法40週年活動時，提出：美國國務院對於台灣總統、副總統與行政院長只能過境美國不能正式造訪，以及外交部長與國防部長造訪美國不能接近華盛頓哥倫比亞特區等限制太嚴格也沒有必要；台北經濟文化辦事處應該正名為「台灣經濟文化辦事處」。